La Cofradía sufre las consecuencias de los sucesos de 1.931 y 1936, en los cuales pierde gran parte de sus enseres, salvándose la cabeza de la Santísima Virgen, por la decidida actuación de D. Rogelio López y posteriormente por la de D. Antonio Dobladez, recibiendo culto durante 1.934 en la Santa Iglesia Catedral y posteriormente en la del Sagrado Corazón. La Santísima Virgen se vuelve a procesionar en la mañana del Viernes Santo de 1935.

Liberada Málaga se inicia una nueva etapa, siendo depositada la imagen de la Santísima Virgen en la Iglesia Parroquial de los Santos Mártires, para después ser trasladadas a la de Ntra. Sra. del Carmen, en espera de la reconstrucción de la de San Pedro, su Iglesia Madre. El día 3 y 25 de Mayo de 1.938, nos honran aceptando los cargos de Hermanos Mayores Honorarios, el anterior Jefe del Estado Excmo. Sr. D. Francisco Franco y el Glorioso y Benemérito Instituto de la Guardia Civil. Con la cooperación decidida del Glorioso Cuerpo de la Guardia Civil, se adquiere en el año 1939, una bellísima imagen del Santísimo Cristo de la Expiración, obra del escultor Sr. D. Mariano Benlliure, que es procesionada con la Santísima Virgen en este año. En 1.942 es construido un magnífico Trono para el Santísimo Cristo. Entre los años 1.943 y 1.946 son construidas las Capillas y entre los años 1.947 al 1.950 se realiza el majestuoso Trono de María Santísima de los Dolores Coronada.
En el año de 1943, cuando se inicia las obras de las nuevas capillas, así como la reconstrucción de la vieja Parroquia de San Pedro ( que se abre al culto 3 años después 1.946 ) , el Obispo de Málaga, Excmo. Y Rvdmo. Dr. Santos Olivera, CONCEDE a la Cofradía el Título y Prerrogativa de SACRAMENTAL, además bendice las capillas y actúan como padrinos de la ceremonia el entonces Director General de la Guardia Civil, Excmo. Sr. D. Camilo Alonso Vega y su esposa.

En 1.953 se estrena el Palio de María Santísima y en 1.955 se procesiona por primera vez el conjunto del Trono completo con un magnifico manto, de terciopelo negro y bordado en oro fino (obra del artista Sevillano Manuel Elena Caro).
En 1.955 el Obispo de la Diócesis el Excmo. Y Rvdmo. Dr. D. Ángel Herrera y Oria, se digna en otorgar al Hermano Mayor, D. Enrique Navarro, el título de Hermano Mayor Perpetuo de la Cofradía. En 1.958 son aprobados por la Dirección General de la Guardia Civil los estatutos de Cofrades Predilectos, creados por la Cofradía en atención a las innumerables peticiones recibidas en tal sentido. El 13 de abril de 1.960, Miércoles Santo malagueño se nombró Camarera Mayor Honoraria a la primera dama española, Excma. Sra. Doña Carmen Polo de Franco.
En 1.963 se celebra el 25 aniversario de la vinculación de la Guardia Civil a la Cofradía, por tal motivo se celebra un brillante acto en nuestras Capillas, presidido por las más grandes autoridades malagueñas.

El 8 de Enero de 1963 dieron comienzo las obras en el solar anexo a la Iglesia de San Pedro. En el año 1.967 se inaugura esta importante obra que marcará un hito dentro de las Cofradías, fue la primera casa Hermandad Museo que se inauguró en Málaga.
Con motivo de las Bodas de Oro que D. Enrique Navarro cumple como Hermano Mayor, en 1.973 se descubre una placa en la fachada, dando su nombre a la plaza que se encuentra junto al edificio. En abril de 1.981 fallece D. Enrique Navarro Torres. D. Enrique Navarro descansa en paz junto a su Cristo de la Expiración y a su amadísima Virgen de los Dolores, darle las gracias sería poco, supo ser un COFRADE MALAGUEÑO, fue querido, supo hacer lo que casi nadie podía hacer, hizo una gran Cofradía, y que en la memoria se tenga siempre su nombre, D. ENRIQUE NAVARRO TORRES.
En diciembre de 1981 salió elegido como Hermano Mayor D. Félix Ruiz del Portal Muñoz.